A fehérje egy része az akvapónián nevelt halakból származik. Továbbá, a teljes értékű táplálkozáshoz nélkülözhetetlen szénhidrát fogyasztását is a mi rendszerünkben fejlődő növények szolgáltatják. Az ülepítő tartályban felgyülemlett szerves hulladékot pedig táptalajként lehet használni különböző zöldségek, gyümölcsök és nem utolsó sorban kerti virágok trágyázására. A maradék piszkos víz azon kívül, hogy kiválóan alkalmas öntözésre, egyfajta katalizátor is, ami elősegíti a komposztálás folyamatát.
Az akvapónia rendszerben termesztett növények minden szempontból természetesek, mivel semmilyen adalék tápanyagot, műtrágyát nem kapnak, valamint rovarirtóval sem érintkeznek. A növénytermesztés minden egyes lépését - a csíráztatástól kezdve a végkifejlődésig - személyesen kontrollálhatjuk. Annak ellenére, hogy a növények semmiféle külső kezelést nem kapnak, friss és ízletes termésre számíthatunk.
